Συγκεκριμένα, την 31.12.2018, αφού πρώτα του αφαιρέθηκε η ιδιότητα του προστατευόμενου μάρτυρα για την ίδια υπόθεση, ασκήθηκε ποινική δίωξη σε βάρος του καθηγητή για το αδίκημα της παθητικής δωροδοκίας σε βάρος του Ελληνικού Δημοσίου, σχετικά με τον χρηματισμό αξιωματούχων του Υπουργείου Υγείας από την φαρμακοβιομηχανία NOVARTIS.
Ο καθηγητής Νικόλαος Μανιαδάκης από την πρώτη στιγμή της ποινικής δίωξης σε βάρος του και σε κάθε Δικονομικό στάδιο της ποινικής διαδικασίας υποστήριζε με παρρησία την αθωότητά του. Τρία χρόνια αργότερα το Δικαστικό Συμβούλιο, συντασσόμενο πλήρως με τη σχετική Εισαγγελική πρόταση και την διάταξη έκδοσης τυπικών κλήσεων της Ανακρίτριας Διαφθοράς κατέληξε ομόφωνα στην απαλλαγή του καθηγητή Νικόλαου Μανιαδάκη με τις εξής σκέψεις: «i) ουδέποτε διορίσθηκε Σύμβουλος των εκάστοτε Υπουργών, Αναπληρωτών Υπουργών και Υφυπουργών Υγείας […], ii) δεν συμμετείχε κατά το χρονικό διάστημα 2010-2014 ως εκπρόσωπος (τακτικός ή αναπληρωματικός) της Εθνικής Σχολής Δημόσιας Υγείας στην Ολομέλεια του Κεντρικού Συμβουλίου Υγείας (Κε.Σ.Υ.) […], iii) δεν συμμετείχε ως μέλος στην Επιτροπή Τιμών Φαρμάκων […], iv) δεν συμμετείχε σε θεσμοθετημένη Επιτροπή του Ε.Ο.Φ. […], v) η ως άνω ιδιότητα του κατηγορουμένου ως Καθηγητή της ανωτέρω Σχολής δεν επαγόταν ως εκ της θέσης του καθήκον παροχής συμβουλευτικών ή άλλων υπηρεσιών στο Υπουργείο Υγείας και τους Υπουργούς Υγείας […]».
Με τις ανωτέρω σκέψεις το Δικαστικό Συμβούλιο καταλήγει στο συμπέρασμα ότι στα καθήκοντα του κατηγορουμένου δεν περιλαμβανόταν ούτε η διαμόρφωση της τιμής των φαρμάκων, ούτε η κυκλοφορία νέων φαρμάκων, ούτε η διαμόρφωση της φαρμακευτικής νομοθεσίας. Επομένως δεν μπορεί να γίνει λόγος για υπηρεσιακή πράξη αντίθετη με τα καθήκοντά του και συνακόλουθα δεν μπορεί να γίνει κατηγορία σε βάρος του για την αποδιδόμενη σε αυτόν αξιόποινη πράξη.
Η πεποίθηση του καθηγητή Μανιαδάκη ότι η προσφυγή στη Δικαιοσύνη συνιστά τη μόνη δικλείδα ασφαλείας και τη μόνη θεσμική εγγύηση για την αναζήτηση της ουσιαστικής αλήθειας, επιβεβαιώθηκε με την έκδοση πλήρως αιτιολογημένου και εμπεριστατωμένου Βουλεύματος του Συμβουλίου Πλημμελειοδικών Αθηνών, το οποίο αποφαίνεται να μη γίνει κατηγορία σε βάρος του. Με την έκδοση του ανωτέρω Βουλεύματος επιβεβαιώθηκαν πλήρως όσα ο καθηγητής Μανιαδάκης και η υπεράσπιση του είχαν εισφέρει στην ποινική διαδικασία, υπερασπιζόμενοι σθεναρά την αθωότητα του.
